争议双方达成了调解协议，签订了协议书，仍然可以起诉。但是，因为协议是合法有效的，是不能反悔的。除非双方当事人的任何一方，认为签订赔偿协议时存在重大误解、显失公平的，或者存在欺诈、胁迫的手段签订的，可以起诉要求撤销协议，由法院重新按照规定进行判决。法院如果查明属实，就会判决撤销协议。如果不存在可撤销的证据和理由，法院会驳回原告的诉讼请求，双方当事人仍然按照协议的约定履行义务。

【本文关联的相关法律依据】

《中华人民共和国民事诉讼法》

第九十六条调解达成协议，必须双方自愿，不得强迫。调解协议的内容不得违反法律规定。

第一百二十二条当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。